公司組織機構的權限不同。
有限責任公司組織機構比較簡單，可只設立董事會而不設股東會或不設監事會，董事會往往由股東個人兼任，機動性權限較大。
股份有限公司的股東會權限受到一定限制，因為公司規模擴大了，需要具有專業知識的管理人員進行專門的經營管理，公司的財產所有權和管理權較為分離，公司的實際經營掌握在了公司資產管理者手中。由交易成本理論可知，減小公司治理成本則可以增加其市場競爭力，但追求規模經濟也可以增加市場競爭力。這就說明，有限責任公司和股份有限公司在市場競爭的要求下，發揮各自特點從而減小總的交易成本。